Berdasarkan sejarah lokal, masjid ini dibangun pada tahun 1923 atas prakarsa Raja Labala dari Dinasti Mayeli, anak Raja Baha. Terkait dengan nama Labala, adalah sebuah nama desa diselatan pulau Lembata, Flores Timur. Transpormasi utama desa ini adalah angkutan laut, sedangkan jalur perhubungan darat belum memadai disebabkan oleh keadaan geografis yang berbukit-bukit.

Pada awalnya, masjid ini hanya menampung sekitar 200 jamaah saja. Kemudian di tahun 1995 dilakukan renovasi sehingga bisa menampung 400 jamaah. Arsitek masjid ini adalah Haji Olong Koli yang berasal dari desa Kampung Garang Lamahala, Flores Timur.

Sumber : Masjid Al-Muqarrabin